请问大佬们如何修复 MacOS 系统

问题背景：由于某次我风骚的终端操作，可能导致删除了系统某些区域的文件，表现出来的现象就是我很多软件的配置消失了，例如 Alfred 我自定义的 web search 关键词，Things3 里我本地的所有 todo list 等，我猜测是某些系统配置文件因我的风骚操作被删除了。
现在我想咨询：为了能把我还没发现的已经被删除的系统文件找回来，在不做 timemachine，不清空和格式化硬盘的情况下，我能否通过什么方法重新装一遍系统而保持已有系统内的数据和 APP 不受影响？